Первым директором училища стал действительный статский советник Петр Павлович Плодовский.
Во время Гражданской войны в главном корпусе училища располагался военный госпиталь, а в больнице – лазарет. Они подчинялись омскому окружному военно-санитарному управлению, преобразованному позже в полевое санитарное управление. Лазарет был составной частью госпиталя.
В марте 1920 года все корпуса были отданы сельхозинституту.
Дело в том, что в это время в Омске и Омской губернии сложилась критическая ситуация с медпомощью: под угрозой расстрела как красными, так и белыми многие врачи и средний медперсонал уехали сами и были эвакуированы отступающей колчаковской армией в Восточную Сибирь. кроме того в декабре 1919 года Сибчека начало аресты и расследования, чем занимались врачи и фельдшеры при Колчаке. В этой гнетущей обстановке врачи вынуждены были прятаться от чекистов. Мальцеву пришлось даже приказать коменданту города Омска 1 декабря1919 года срочно, согласно приказу Сибревкома, откомандировать в его распоряжение весь медперсонал, имеющийся среди немцев, австрийцев и других иностранцев, попавших в плен в ходе империалистической войны.
В феврале 1920 года вышло от имени Губздравотдела «Обращение к бежавшему медицинскому персоналу», где отвергались слухи о немедленном расстреле всех, кто служил у колчаковцев, и гарантировалась защита от преследования всем тем, кто возвратится к своим служебным обязанностям и «не питает вражды к рабоче-крестьянской республике»: врачам, фельдшерским акушеркам и аптекарским работникам. Обращение призывало медиков «возвратиться к своим местам для исполнения своего высокого долга помощи больным». Военные и гражданские власти обещали всяческое содействие. Согласно «Списку врачей, состоящим на службе в учреждениях, подведомственных Губздраву, подлежащим, по занимаемым должностям, освобождению от военной службы», за апрель 1920года одним из первых к исполнению своих обязанностей, был Ю.И.Ласков.
13 мая 1920 года Сибздрав поднял вопрос об ассигновании врачебно-санитарного строительства в Омской губернии и ремонте врачебно-санитарных пунктов. В августе 1920 года был поднят вопрос о восстановлении боьницы при сельхозинституте. По протоколу заседания Губздравотдела от 10 августа 1920 года №108, больнице сельхозинститута был выдан дополнительный аванс в 1 млн. рублей. В сентябре этого же года больнице институтабыли выделены кредиты на восстановление служб в сумме 612 тысяч рублей 42 копейки (в ценах 1923года).в 1922 году при 15-й амбулатории при сельхозинституте числилось два школьных лекпома: Лях и Анфиловьев. Это был весь штат. Однако есть сведения, что по проекту 1922 года по штату больницы на 20 коек было положено 14 человек: заведующий больницей и участком, завхоз-смотритель, лекпомы школьные, кухарка, посудница, сиделки, водовоз-дворник с совокупной зарплатой за месяц в 3789 рублей (в ценах 1923 года).
На карте города Омска, изданной в 1923 году, здание старой поликлиники значится как больница. Это учреждение тогда уже подчинялось Отделу здравоохранения Исполнительного комитета Омского Губернского совета рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов. По данным ректора Сибирской сельскохозяйственной академии Никиты Ефимовича Ишмаева, в 1923 году при СибАке была больница. В 1925 году 15-ая амбулатория и институтская больница были слиты в одно учреждение.
С апреля 1922года по август 1940-го, документов о городской фельдшерско-акушерской амбулатории в Госархиве (ГАОО) не сохранилось.