В период иностранной военной интервенции и гражданской войны госпиталь являлся одним из самых крупных учреждений Омского районного эвакопункта.
Самоотверженный труд госпиталя, особенно во время эпидемии сыпного тифа в 1920-21 г.г., нельзя забывать и сейчас. В то время госпиталь был рассчитан на 800 коек.
Большую активность госпитальные врачи проявляли при создании Омского медицинского института (1921 г.), когда военный госпиталь стал клинической базой по хирургии, терапии и глазным болезням.
В ряду госпитальных врачей, активных работников военной и гражданской медицины следует назвать большого общественника и одного из первых хирургов Омска Ивана Александровича Иульского, доктора медицины Павла Андреевича Соломина, новатора хирургии Павла Каэтановича Левоневского, крупного бактериолога и организатора здравоохранения Ипполита Дмитриевича Куприянова.
Многие из его талантливых врачей стали видными учеными. В их числе профессора В.М. Борман, Е.С. Сорокин, А.А. Бугаев, И.Г. Варман, А.М. Давыдов, М.М. Гиленко, И.Д. Захаров.
Как и для всей страны, очень трудными были годы Великой Отечественной войны. За четыре года войны коллективом было возвращено в строй 32 тысячи советских воинов. В годы войны на базе госпиталя работала военная кафедра эвакуированного в Омск второго Московского медицинского института. В его коллективе трудился один из крупнейших хирургов страны профессор Борис Соломонович Вейсброд.
В период Великой Отечественной войны количество коек в госпитале доходило до 800, госпиталь обслуживал части, учреждения, учебные заведения Омского гарнизона и других. В эти тяжелые годы коллектив госпиталя выполнял огромную организаторскую работу. Сформированы и отправлены на фронт 4 инфекционных госпиталя, 10 военно-санитарных поездов, СЭО и 26 других военно-медицинских учреждений.
Изменился госпиталь в послевоенное время, став крупным военно-медицинским лечебным заведением, где оказывались все виды квалифицированной помощи.
Многие специалисты, работавшие в госпитале после войны, стали известными учеными или крупными организаторами здравоохранения. Среди них Г.Я. Мерликин, М.П. Михалкин, Т.И. Фроловская, В.А. Зубарев, М.П. Смоленский, В.А. Ковалев, Б.А. Файман.