В 1934 году образован Омский областной отдел здравоохранения при Омском областном исполнительном комитете советов рабочих крестьянских и красноармейских депутатов.

В феврале 1940 года образован Омский областной отдел здравоохранения при Омском исполнительном комитете Омского областного совета депутатов трудящихся.

С 1933 по 1941 годы должность заведующего Омским областным отделом здравоохранения замещал Тиллес Бернард Вольфович.

С 3 апреля по 9 ноября 1941 года должность заведующего Омским областным отделом здравоохранения замещал Тиунов Леонид Иванович.

С 1942 по 1946 годы должность заведующего Омским областным отделом здравоохранения замещал Ларин Владимир Иванович.

С 1948 по 1951 годы должность заведующего Омским областным отделом здравоохранения замещал Попов Иван Федорович.

С 1951 по 1953 годы должность заведующего Омским областным отделом здравоохранения замещала Полякова Анна Павловна.

С 1953 по 1961 годы должность заведующего Омским областным отделом здравоохранения замещала Полякова Мария Емельяновна.

С 1961 по 1963 годы должность заведующего Омским областным отделом здравоохранения замещал Юргель Виктор Николаевич.

С 1963 по 1978 годы должность заведующего Омским областным отделом здравоохранения замещала Полякова Мария Емельяновна.

В октябре 1977 года образован Омский областной отдел здравоохранения Омского областного совета народных депутатов.

С 1978 по 1986 годы должность заведующего Омским областным отделом здравоохранения замещал Дука Геннадий Яковлевич.

В июне 1991 года образовано управление здравоохранения исполнительного комитета Омской области, реформированное в январе 1992 года в управление здравоохранения Администрации
Омской области, а в августе 19993 года – в Главное управление здравоохранения Администрации Омской области.

С 1986 по 1997 годы должность начальника замещал Стороженко Владимир Константинович.

С 1997 по 2002 годы должность начальника замещал Самойлов Владимир Антонович.

В августе 2002 года Главное управление здравоохранения Администрации Омской области преобразовано в Главное управление здравоохранения Омской области.

В январе 2004 года образовано Министерство здравоохранения Омской области, действующее до настоящего времени на основании Положения о Министерстве здравоохранения Омской области, утвержденного Указом Губернатора Омской области от 13 ноября 2007 года № 133.

С 2002 по 2005 годы должность начальника (Министра здравоохранения Омской области) замещал Румянцев Николай Васильевич.

С 2005 по 2008 годы должность Министра здравоохранения Омской области замещал Моисеенко Сергей Владимирович.

С 2008 по 2012 годы должность Министра здравоохранения Омской области замещал Ерофеев Юрий Владимирович.

С 2012 по 2018 годы должность Министра здравоохранения Омской области замещал Стороженко Андрей Евгеньевич.

С 2018 по 2020 годы должность Министра здравоохранения Омской области замещал Вьюшков Дмитрий Михайлович.

С 1 апреля по 6 ноября 2020 года должность Министра здравоохранения Омской области замещала Солдатова Ирина Геннадьевна.

С 2020 по 2023 годы должность Министра здравоохранения Омской области замещал Мураховский Александр Григорьевич.

С 2023 по 2024 годы должность Министра здравоохранения Омской области замещал Наркевич Артём Николаевич.

С 2024 года по настоящее время должность Министра здравоохранения Омской области замещает Маркелов Дмитрий Анатольевич.

Из числа экс-руководителей Омского областного отдела здравоохранения звания Заслуженный врач Российской Федерации удостоены Полякова Мария Емельяновна, Юргель Виктор Николаевич, Дука Геннадий Яковлевич, Стороженко Владимир Константинович, Самойлов Владимир Антонович.

Дом № 6, расположенный на улице Красный Путь г. Омска, в котором в настоящее время расположено Министерство здравоохранения Омской области, был построен в 1900 году в Кадышевском форштадте, недалеко от казенного здания Главного управления Акмолинской области и Степного края. Владельцем тогда двухэтажного строения был унтер-офицер Л.Г. Айзин. Его имя относят ко многим строениям Омска прошлого столетия.

Офицер Айзин сдавал дом на Красном Пути внаем различным организациям и учреждениям. Так, в 1904 году здесь непродолжительное время размещалась духовная консистория Омской епархии. В 1913 году владелец сдал здание в аренду Управлению акцизных сборов Тобольской губернии и Акмолинской области. А через 20 лет после постройки доходный дом национализировали.

Первоначальный вид здания мало напоминает сегодняшнюю картину. Дом был двухэтажным, и крышу его украшали красивые башенки по углам, а вход с каменным крыльцом находился с южной стороны здания, посередине первого этажа. В 1930-е годы был надстроен третий этаж.

Здание является памятником гражданской и общественной архитектуры конца 19 – начала 20 века.