В 1922 году численность речников, находящихся под медицинским наблюдением, составляла 4500 человек. Численность персонала составляла 31 человек. В 1924 году в больнице Омска за счет средств пароходства открыто хирургическое отделение, выполнена первая хирургическая операция главным врачом-хирургом Шевченко В. Б., с того же времени на базе больницы размещаются терапевтическая и хирургическая кафедры медицинского института. Число коек в больнице увеличилось до 30, организованытерапевтическое, хирургическое, гинекологическое и акушерское отделения
1935 году в районе Загородной рощи, вблизи затона на Иртыше была заложена больница, а после окончания строительства, с 1 мая 1937 года, здесь располагалось уже 60 коек: 30 терапевтических, 20 хирургических, по 5 гинекологических и оториноларингологических. Этот корпус больницы существует сегодня (на фото слева).
С 1923 года в деревянном двухэтажном здании дома бывшего пароходчика Колмакова открыта больница в Тюмени на 15 коек. С 1932 года в Тюмени сдается в эксплуатацию типовая поликлиника со вспомогательными кабинетами и клинической лабораторией (на среднем фото).
В 1932 году была открыта больница в Тобольске на 15 коек, в это же время в подчинение Омского линейного здравотдела перешли медицинские учреждения по реке Иртыш до Нового Порта (на фото справа).

Данные профилактических медосмотров на плавучей поликлинике "Здоровье" обеспечили раннее выявление, своевременное лечение заболеваний у речников, работающих в отрыве от основных баз, на значительном удалении от лечебно-профилактических учреждений бассейна. В Иртышском бассейне впервые среди медицинских учреждений водного транспорта России введена система динамического диспансерного наблюдения за здоровыми и больными.

В 1987 году сдана в эксплуатацию больница в Сургуте, открыта бассейновая стоматологическая поликлиника.

В 1992 году в составе хирургического отделения сформирован первый кабинет урологии. В 1993 году открыт операционный блок, оториноларингологическое отделение ИЦБКБ. В 1997 году сдан в эксплуатацию диагностический корпус ИЦБКБ.
В 2006 году было открыто отделение портальной гипертензии, на базе которого в 2015 году, впервые в Омске, выполнена операция трансплантации печени.
В 2002 году приказом МЗ РФ от 30.12.2002 г. № 409 «Иртышская Центральная бассейновая клиническая больница» переименована в Государственное учреждение «Западно-Сибирский медицинский центр Министерства здравоохранения Российской Федерации». В результате реорганизации, в соответствии с приказом Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию от 16.03. 2005 года № 228 «Западно-Сибирский медицинский центр» перешёл в ведение Росздрава.
Закономерным этапом в деятельности учреждения был перевод «Западно-Сибирского медицинского центра» в 2009 году в структуру ФМБА России, так как на протяжении всего периода работы выполнялись функции, свойственные медицинским организациям, подведомственным ФМБА России. С этого момента «Западно-Сибирский центр» получил своё нынешнее наименование: Федеральное государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Западно-Сибирский медицинский центр Федерального медико-биологического агентства». Изменились статус и задачи учреждения.

медицинских наук, 21 кандидатов медицинских наук, 2 заслуженных врача РФ). 60% врачей и 65% средних медицинских работников имеют высшую квалификационную категорию. Уровень подготовки специалистов позволяет решать широкий перечень задач, в том числе в условиях чрезвычайных ситуаций.
ФГБУЗ ЗСМЦ ФМБА России является клинической базой четырех кафедр Омского государственного медицинского университета (кафедра внутренних болезней и семейной медицины ПДО, кафедра факультетской хирургии с курсом урологии, кафедра неврологии ПДО, кафедра онкологии и лучевых методов лечения) и четырех кафедр Тюменского государственного медицинского университета (кафедра факультетской хирургии, кафедра неврологии, кафедра детских болезней, кафедра госпитальной терапии). Практическая медицина работает в тесном сотрудничестве с научными сотрудниками кафедр университетов. За последние 5 лет сотрудниками центра защищены 3 кандидатских диссертации.
Общая численность обслуживаемого населения составляет более 66000 человек, из них около 12 000 человек - сотрудники предприятий с особо опасными и вредными условиями труда, в том числе Госкорпорации «Роскосмос». На базе ФГБУЗ ЗСМЦ ФМБА России открыт Центр промышленной медицины, организован Центр профпатологии, в структуре которого функционирует отделение профилактических осмотров и профпатологические койки в составе профильных отделений стационаров.
В 2021 году к медицинским работникам центра осуществлено более 670 000 посещений, в стационарных условиях пролечено более 15 000 пациентов, выполнено более 8 000 операций.
В Омске развернуты 9 стационарных отделений: ортопедическое отделение, отделение портальной гипертензии, урологическое отделение, отделение медицинской реабилитации пациентов с нарушением функции центральной нервной системы, гинекологическое отделение, терапевтическое отделение, оториноларингологическое отделение, отделение анестезиологии и реанимации, отделение рентгенохирургических методов диагностики и лечения.
Приоритетным направлением развития ФГБУЗ ЗСМЦ ФМБА России является расширение профилей и видов высокотехнологичной медицинской помощи по основным направлениям работы Центра. Во всех отделениях стационара оказывается высокотехнологичная медицинская помощь. Объемы, оказанной высокотехнологичной помощи, увеличились со 174 операций в 2009 году до 1155 случаев оказания высокотехнологичной помощи в 2021 году.
Одним из приоритетных направлений деятельности Центра является развитие медицинской реабилитации. Программа реабилитации направлена на уменьшение симптомов заболевания или компенсацию нарушенных функций, улучшение качества жизни пациента. С пациентом по индивидуальной программе согласно клиническим рекомендациям работает мультидисциплинарная реабилитационная команда.
В ФГБУЗ ЗСМЦ ФМБА России создан отдел персонифицированной медицины, который входит в уникальную систему, созданную в ФМБА России, объединяющую специализированные медицинские и научные центры, что позволяет в рамках единой системы выстроить модель персонифицированный медицины для конкретного человека с учетом его геномных, анатомических, биохимических, иммунологических особенностей.
ФГБУЗ ЗСМЦ ФМБА России входит в состав лечебно-профилактических учреждений, на базе которых созданы и функционируют бригады экстренного реагирования (анестезиолого-реанимационная и травматологическая). Центр готов развернуть дополнительный коечный фонд для приема пострадавших в чрезвычайных ситуациях. Бригады экстренного реагирования систематически успешно участвуют в учениях по ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций.
Материально-техническое и технологическое оснащение подразделений Центра на основе инновационных подходов и принципах стандартизации, имеющийся кадровый состав и научный потенциал сотрудников Центра позволяет развивать существующие направления и способствует дальнейшему развитию деятельности учреждения в рамках федерального медицинского центра, по обеспечению высокого уровня оказания медицинской помощи для жителей Сибирского и Уральского федеральных округов.
Большая заслуга в становлении и развитии Центра принадлежит выдающимся организаторам здравоохранения, в разные годы руководившим больницей: Виктору Борисовичу Шевченко, Сергею Анатольевичу Пулькису, Кузьме Васильевичу Мишину, Ирине Александровне Голубицкой, Заслуженному врачу РСФСР, Отличнику здравоохранения Фаддею Самуиловичу Ешкину, Заслуженному врачу РСФСР Виктору Николаевичу Юргель, Заслуженному врачу РСФСР Льву Вольфовичу Стырту, к.м.н., Заслуженному врачу РФ, Отличнику здравоохранения Александру Рафаиловичу Чербе, Василию Васильевичу Обрывалину. В настоящее время руководит Центром, поддерживает и развивает его традиции Заслуженный врач РФ, д.м.н., профессор Владимир Юрьевич Шутов.

Таким образом, за более чем 100-летнюю историю пройден огромный путь от амбулатории на пристани Омск до современного специализированного медицинского Центра, по уровню оказания медицинской помощи соответствующего передовым клиникам России.

Отделение хирургии печени было создано в 1996г. на базе ГУЗ МСЧ №10 г. Омска. Приоритетными направлениями работы отделения всегда являлась хирургия печени и желчевыводящих путей. На момент становления отделения выполнялись резекции печени различного объема при опухолевых, паразитарных процессах, реконструктивные операции на желчных протоках при осложненной желчнокаменной болезни, травмах и опухолях желчных протоков. В течение года производилось около 90-110 подобных оперативных вмешательств. В это же время получила активное развитие криохирургия печени и желчевыводящих путей. Совместно с учеными Омского Государственного Политехнического Университета были созданы новая криохирургическая аппаратура и математическая программа для контроля за криодеструкцией при операциях на печени при паразитарных и опухолевых процессах. Использование криохирургической аппаратуры позволило упростить операции на печени, обеспечивая, тем не менее, радикальность оперативного вмешательства. В связи с этим, стало возможным радикально оперировать больных, которые раньше считались не операбельными. За все время на материалах отделения было защищено 2 докторских и 5 кандидатских диссертаций.

После перехода в 2006г. в структуру Западно-Сибирского Медицинского Центра Росздрава (далее Центр) сотрудники отделения продолжили активно развивать направление гепатопанкреатобилиарной хирургии. Отделение было переименовано в «отделение портальной гипертензии». Все дальнейшие вехи развития отделения портальной гипертензии были связаны именно с Центром. Особое внимание стало уделяться пациентам с циррозом печени и синдромом портальной гипертензии. С появлением в арсенале оперативных вмешательств таких, как эндоскопическое лигирование вен пищевода, эта процедура стала выполняться рутинно, как «на высоте кровотечения», так и для профилактики пищеводных кровотечений. На сегодняшний день ежегодно выполняется до 40-50 процедур эндоскопического лигирования варикозных вен пищевода с минимальным количеством осложнений. Наряду с этими вмешательствами проводятся «открытые» операции азиго-портального разобщения по собственной оригинальной методике, которая вскоре будет защищена патентом. По показаниям оперативные вмешательства дополняются операциями порто-системного шунтирования. Разработана оригинальная методика анастомозирования нижней брыжеечной вены непосредственно с нижней полой или левой почечной венами, что позволяет эффективно снизить давление в воротной вене с минимальными проявлениями послеоперационной печеночной энцефалопатии. За все время работы разработано и внедрено около 45 новых методик диагностики и лечения пациентов с патологией печени и желчевыводящих путей. Ежегодно выполняется более 100 резекций печени, среди которых 30% составляют большие и предельно большие резекции, в том числе с реконструкцией и протезированием магистральных сосудов. С целью уменьшения количества желчеистечений после обширных резекций печени был предложен способ интраоперационного обнаружения желчеистечения при выполнении резекции печени (патент на изобретение № 2568765 от 21 октября 2015г.). Благодаря этому способу, за последние 5 лет количество билиарных осложнений после обширных резекций печени не превышает 3%, а после всех резекций печени составляет не более 1,4%. За последние 5 лет также не было зарегистрировано летальных случаев после резекций печени.

Следующим видом по количеству выполняемых высокотехнологичных оперативных вмешательств являются реконструктивные операции на желчных протоках. Выполняется в среднем 25-35 операций в год по поводу «высоких» стриктур желчных путей, произошедших вследствие осложнений желчнокаменной болезни, панкреатита и травм желчных протоков. Применяются самые последние разработки отечественных и зарубежных ученых, современные шовные материалы и технологии. Кроме того, хирургическая помощь традиционно осуществляется пациентам с любой патологией желудочно-кишечного тракта, выполняются любые интраабдоминальные операции в традиционном и лапароскопическом вариантах.

В 2010г. бурное развитие получила онкологическая помощь. Девять сотрудников Центра имеют сертификаты врачей-онкологов. На сегодняшний день в отделении портальной гипертензии выполняются практически все известные виды абдоминальных онкологических операций, включая панкреатодуоденальную резекцию, субтотальные дистальные резекции поджелудочной железы, резекции толстой кишки и желудка различного объема с расширенными лимфаденоэктомиями, в том числе, с протезированием сосудов и реконструктивно-пластическим компонентом. До 50% операций выполняется из лапароскопического доступа. С 2012г. все дигестивные анастомозы в брюшной полости выполняются только при помощи однорядного шва монофиламентным рассасывающимся шовным материалом, окончательно внедренным в практику отделения. Совместно с учеными клинического онкологического диспансера был разработан способ лечения злокачественных образований печени первичного и метастатического характера (патент на изобретение № 2748121 от 19 мая 2021г.), что позволило вводить лекарственные препараты для химиотерапии непосредственно в воротную вену и оказывать помощь так называемым «нерезектабельным» пациентам. В ряде случаев способ стал своеобразным мостом для выполнения радикальной хирургической резекции после регионарной химиотерапии.
С 2012г. стала активно развиваться лапароскопическая хирургия печени. В 2012г. была произведена первая в истории отделения лапароскопическая левосторонняя кавальная лобэктомия по поводу гигантской кавернозной гемангиомы. В настоящее время в год выполняется более 20 подобных операций. В отделении появился новый современный эндовидеохирургический комплекс «Aesculap», ультразвуковые генераторы «Harmonic» и «Gen 11», электрохирургический комплекс «ForceTriad», что позволило активно развивать лапароскопическую хирургию.

Еще одним важным аспектом работы отделения является миниинвазивная хирургия под контролем УЗИ-навигации. Под УЗИ-контролем выполняются пункционные биопсии различных органов и тканей, производятся пункции и дренирование жидкостных скоплений, чрескожное чреспеченочное дренирование и стентирование желчных протоков. В год выполняется 60-70 процедур под УЗИ-контролем. Все эти технологии направлены на улучшение диагностики и подготовки пациентов перед сложными оперативными вмешательствами, а иногда являются окончательным вариантом лечения больного. Ведётся научная работа по оптимизации пункционного лечения гигантских кист печени под УЗИ-контролем.
 С 2014г. хирурги отделения совместно с коллегами из ГНЦ ФМБЦ им. А.И. Бурназяна начали программу трансплантации печени ив 2019г. осуществили полностью самостоятельную трансплантацию печени. Все сотрудники отделения прошли обучение по трансплантологии на базе ФГБУ НМИЦ ТИО им. ак. В.И. Шумакова. На сегодняшний день выполнено четыре трансплантации печени, одна из которых – от живого родственного донора. Сотрудники отделения готовы выполнять более 10 трансплантаций печени в год. Развитие этого направления, к сожалению, сдерживается катастрофической нехваткой донорских органов и неэффективно работающей донорской службой в нашем регионе. Также существенное влияние на снижение трансплантационной активности оказала пандемия коронавирусной инфекции в 2020-2021гг., что уменьшило и без того низкий пул потенциальных доноров. Тем, не менее, за время пандемии удалось сохранить высокие темпы хирургической, в том числе и высокотехнологичной медицинской помощи, и мы продолжим развивать трансплантологическую помощь в нашем регионе. Появление в Центре отделения рентгенохирургических методов диагностики и лечения с современным ангиографическим комплексом фирмы General Electric, безусловно, стало стимулом к следующему этапу развития миниинвазивной хирургии: планируется проведение (и уже выполнены первые процедуры) портальной эмболизации печени, артериальной химиоэмболизации и эндопротезирование желчных протоков при нерезектабельных опухолевых процессах.
В планах отделения:
· Выполнение эндопротезирования желчных протоков при помощи УЗИ и рентген-навигации.
· Разработка и внедрение химиоэмболизации метастатических опухолей доступом через воротную вену под контролем УЗИ и мобильной C-дуги совместно с ренгенохирургами.
· Внедрение методики радиочастотной абляции (РЧА) первичного и метастатического рака печени лапароскопическим способом.
· Разработка нового способа порто-кавального шунтирования с применением нижней брыжеечной вены.
· Внедрение в практику больших и предельно больших резекций печени лапароскопическим доступом.