В 1922 году численность речников, находящихся под медицинским наблюдением, составляла 4500 человек. Численность персонала составляла 31 человек. В 1924 году в больнице Омска за счет средств пароходства открыто хирургическое отделение, выполнена первая хирургическая операция главным врачом-хирургом Шевченко В. Б., с того же времени на базе больницы размещаются терапевтическая и хирургическая кафедры медицинского института. Число коек в больнице увеличилось до 30, организованытерапевтическое, хирургическое, гинекологическое и акушерское отделения
1935 году в районе Загородной рощи, вблизи затона на Иртыше была заложена больница, а после окончания строительства, с 1 мая 1937 года, здесь располагалось уже 60 коек: 30 терапевтических, 20 хирургических, по 5 гинекологических и оториноларингологических. Этот корпус больницы существует сегодня (на фото слева).
С 1923 года в деревянном двухэтажном здании дома бывшего пароходчика Колмакова открыта больница в Тюмени на 15 коек. С 1932 года в Тюмени сдается в эксплуатацию типовая поликлиника со вспомогательными кабинетами и клинической лабораторией (на среднем фото).
В 1932 году была открыта больница в Тобольске на 15 коек, в это же время в подчинение Омского линейного здравотдела перешли медицинские учреждения по реке Иртыш до Нового Порта (на фото справа).

Данные профилактических медосмотров на плавучей поликлинике "Здоровье" обеспечили раннее выявление, своевременное лечение заболеваний у речников, работающих в отрыве от основных баз, на значительном удалении от лечебно-профилактических учреждений бассейна. В Иртышском бассейне впервые среди медицинских учреждений водного транспорта России введена система динамического диспансерного наблюдения за здоровыми и больными.

В 1987 году сдана в эксплуатацию больница в Сургуте, открыта бассейновая стоматологическая поликлиника.

В 1992 году в составе хирургического отделения сформирован первый кабинет урологии. В 1993 году открыт операционный блок, оториноларингологическое отделение ИЦБКБ. В 1997 году сдан в эксплуатацию диагностический корпус ИЦБКБ.
В 2006 году было открыто отделение портальной гипертензии, на базе которого в 2015 году, впервые в Омске, выполнена операция трансплантации печени.
В 2002 году приказом МЗ РФ от 30.12.2002 г. № 409 «Иртышская Центральная бассейновая клиническая больница» переименована в Государственное учреждение «Западно-Сибирский медицинский центр Министерства здравоохранения Российской Федерации». В результате реорганизации, в соответствии с приказом Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию от 16.03. 2005 года № 228 «Западно-Сибирский медицинский центр» перешёл в ведение Росздрава.
Закономерным этапом в деятельности учреждения был перевод «Западно-Сибирского медицинского центра» в 2009 году в структуру ФМБА России, так как на протяжении всего периода работы выполнялись функции, свойственные медицинским организациям, подведомственным ФМБА России. С этого момента «Западно-Сибирский центр» получил своё нынешнее наименование: Федеральное государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Западно-Сибирский медицинский центр Федерального медико-биологического агентства». Изменились статус и задачи учреждения.

медицинских наук, 21 кандидатов медицинских наук, 2 заслуженных врача РФ). 60% врачей и 65% средних медицинских работников имеют высшую квалификационную категорию. Уровень подготовки специалистов позволяет решать широкий перечень задач, в том числе в условиях чрезвычайных ситуаций.
ФГБУЗ ЗСМЦ ФМБА России является клинической базой четырех кафедр Омского государственного медицинского университета (кафедра внутренних болезней и семейной медицины ПДО, кафедра факультетской хирургии с курсом урологии, кафедра неврологии ПДО, кафедра онкологии и лучевых методов лечения) и четырех кафедр Тюменского государственного медицинского университета (кафедра факультетской хирургии, кафедра неврологии, кафедра детских болезней, кафедра госпитальной терапии). Практическая медицина работает в тесном сотрудничестве с научными сотрудниками кафедр университетов. За последние 5 лет сотрудниками центра защищены 3 кандидатских диссертации.
Общая численность обслуживаемого населения составляет более 66000 человек, из них около 12 000 человек - сотрудники предприятий с особо опасными и вредными условиями труда, в том числе Госкорпорации «Роскосмос». На базе ФГБУЗ ЗСМЦ ФМБА России открыт Центр промышленной медицины, организован Центр профпатологии, в структуре которого функционирует отделение профилактических осмотров и профпатологические койки в составе профильных отделений стационаров.
В 2021 году к медицинским работникам центра осуществлено более 670 000 посещений, в стационарных условиях пролечено более 15 000 пациентов, выполнено более 8 000 операций.
В Омске развернуты 9 стационарных отделений: ортопедическое отделение, отделение портальной гипертензии, урологическое отделение, отделение медицинской реабилитации пациентов с нарушением функции центральной нервной системы, гинекологическое отделение, терапевтическое отделение, оториноларингологическое отделение, отделение анестезиологии и реанимации, отделение рентгенохирургических методов диагностики и лечения.
Приоритетным направлением развития ФГБУЗ ЗСМЦ ФМБА России является расширение профилей и видов высокотехнологичной медицинской помощи по основным направлениям работы Центра. Во всех отделениях стационара оказывается высокотехнологичная медицинская помощь. Объемы, оказанной высокотехнологичной помощи, увеличились со 174 операций в 2009 году до 1155 случаев оказания высокотехнологичной помощи в 2021 году.
Одним из приоритетных направлений деятельности Центра является развитие медицинской реабилитации. Программа реабилитации направлена на уменьшение симптомов заболевания или компенсацию нарушенных функций, улучшение качества жизни пациента. С пациентом по индивидуальной программе согласно клиническим рекомендациям работает мультидисциплинарная реабилитационная команда.
В ФГБУЗ ЗСМЦ ФМБА России создан отдел персонифицированной медицины, который входит в уникальную систему, созданную в ФМБА России, объединяющую специализированные медицинские и научные центры, что позволяет в рамках единой системы выстроить модель персонифицированный медицины для конкретного человека с учетом его геномных, анатомических, биохимических, иммунологических особенностей.
ФГБУЗ ЗСМЦ ФМБА России входит в состав лечебно-профилактических учреждений, на базе которых созданы и функционируют бригады экстренного реагирования (анестезиолого-реанимационная и травматологическая). Центр готов развернуть дополнительный коечный фонд для приема пострадавших в чрезвычайных ситуациях. Бригады экстренного реагирования систематически успешно участвуют в учениях по ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций.
Материально-техническое и технологическое оснащение подразделений Центра на основе инновационных подходов и принципах стандартизации, имеющийся кадровый состав и научный потенциал сотрудников Центра позволяет развивать существующие направления и способствует дальнейшему развитию деятельности учреждения в рамках федерального медицинского центра, по обеспечению высокого уровня оказания медицинской помощи для жителей Сибирского и Уральского федеральных округов.
Большая заслуга в становлении и развитии Центра принадлежит выдающимся организаторам здравоохранения, в разные годы руководившим больницей: Виктору Борисовичу Шевченко, Сергею Анатольевичу Пулькису, Кузьме Васильевичу Мишину, Ирине Александровне Голубицкой, Заслуженному врачу РСФСР, Отличнику здравоохранения Фаддею Самуиловичу Ешкину, Заслуженному врачу РСФСР Виктору Николаевичу Юргель, Заслуженному врачу РСФСР Льву Вольфовичу Стырту, к.м.н., Заслуженному врачу РФ, Отличнику здравоохранения Александру Рафаиловичу Чербе, Василию Васильевичу Обрывалину. В настоящее время руководит Центром, поддерживает и развивает его традиции Заслуженный врач РФ, д.м.н., профессор Владимир Юрьевич Шутов.

Таким образом, за более чем 100-летнюю историю пройден огромный путь от амбулатории на пристани Омск до современного специализированного медицинского Центра, по уровню оказания медицинской помощи соответствующего передовым клиникам России.